Response: Re: Analysis of Fecal DNA Methylation to Detect Gastrointestinal Neoplasia
Notice bibliographique
Résumé
We appreciate the comment made by Dr Hayatsu and would like to provide further clarification of our methodology to address his concerns. From the outset, we would like to say that the actual concentration of sodium bisulfite in our study was not “8.64 N.” We dissolved 1.8 g sodium bisulfite in 2.0 mL distilled water; however, following the addition of sodium bisulfite, the final volume of this solution became 2.4 mL. Consequently, the actual concentration of sodium bisulfite in this suspension was approximately 7.2 M and not 8.64 N. We put 125 μL of this suspension into 200-μL liquid fecal specimens with 17.5 μL of 10 mM hydroquinone and 7.5 μL of 12 M NaOH for the incubation step (here, the final bisulfite concentration was 2.6 M). A complete conversion of cytosine residues to uracils is absolutely essential for the success of our fecal DNA methylation assay and conventional bisulfite methods do typically recommend that the final bisulfite concentration be 3 M or more during the incubation step ( 1 ). However, whereas conventional bisulfite methods often are geared toward bisulfite modification of greater quantities of DNA (eg, 1 μg DNA), our one-step bisulfite modification needs to convert only a very small amount of DNA in dilute liquified fecal specimens. Therefore, after rigorous experimentation, we determined that 2.6 M sodium bisulfite is sufficient to convert cytosine to uracil in our one-step bisulfite modification methodology. We have confirmed complete cytosine conversion in our polymerase chain reaction products from fecal DNA, and some of the results from our assay development were presented in our article ( 2 ). We are now engaged in a large cohort study to screen people with gastrointestinal cancers by our “Hi-SA” fecal methylation assay at multiple sites in Japan, Canada, and the United States. So far, we have not experienced any problems with incomplete cytosine–uracil conversion in our fecal methylation assay.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,042 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,030 | 0,024 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,031 | 0,028 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».