HIV‐1 Drug Resistance: Degree of Underestimation by a Cross‐Sectional versus a Longitudinal Testing Approach
Notice bibliographique
Résumé
Genotyping of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) for antiretroviral drug resistance is routinely used both in clinical practice, to guide the selection of options for an individual's antiretroviral therapy, and in epidemiological studies, to estimate levels of antiretroviral drug resistance in a patient population. However, reliance on results of a single test can result in an underestimation of antiretroviral drug resistance. In the present study, we quantified the prevalence of resistance-associated mutations found in recent genotypic tests of 1734 HIV-1-infected, treatment-experienced subjects who had at least 3 genotypic tests (n = 11,404 genotypic tests total; median, 5 tests/subject) and compared it with that of resistance-associated mutations ever detected in these subjects between 1996 and 2004. Single-point analyses underestimated antiretroviral drug resistance, particularly for nucleoside analogues, in both individuals and patient populations. For example, the prevalence of resistance-associated mutation M184V/I was 25.5% in the most recent genotypes and 58.8% in available historical genotypes. Our results suggest that analysis of a combined historical genotype rather than of a cross-sectional genotype may lead to more accurate estimates of antiretroviral drug resistance in individual patients and in patient populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,061 | 0,112 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».