MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2043617619 · doi:10.1093/nar/gkt415

CARM1 automethylation is controlled at the level of alternative splicing

2013· article· en· W2043617619 sur OpenAlexafffund
Lu Wang, Purin Charoensuksai, Nikole J. Watson, Xing Wang, Zibo Zhao, Carlos G. Coriano, Wei Xu

Notice bibliographique

RevueNucleic Acids Research · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related gene regulation
Établissements canadiensTrent University
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthTrent UniversityNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaU.S. Department of Defense
Mots-clésBiologyAlternative splicingExonRNA splicingMethylationGene isoformDNA methylationGeneMolecular biologyCell biologyGeneticsGene expressionRNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Co-activator-associated arginine methyltransferase 1 (CARM1) is subjected to multiple post-translational modifications. Our previous finding that automethylation of CARM1 is essential for regulation of transcription and pre-mRNA splicing prompted us to investigate how automethylation is regulated. Here, we report that automethylation is regulated by alternative splicing of CARM1 mRNA to remove exon 15, containing the automethylation site. Specifically, we find that two major alternative transcripts encoding full-length CARM1 (CARM1FL) and CARM1 with exon 15 deleted (CARM1ΔE15) exist in cells, and each transcript produces the expected protein. Further biochemical characterizations of the automethylation-defective mutant and CARM1ΔE15 reveal overlapping yet different properties. Interestingly, other arginine methylation substrates also have missing exons encompassing the site(s) of methylation, suggesting that protein arginine methylation level may, in general, be controlled by the alternative splicing mechanism. Finally, we observed differential distribution of CARM1FL and CARM1ΔE15 in epithelial and stromal cells in normal mouse mammary gland. Thus, alternative splicing not only serves as the determinant for CARM1 automethylation but also generates cell type-specific isoforms that might regulate normal ERα biology in the mammary gland.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,028
Score d'incertitude au seuil0,523

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,071
Tête enseignante GPT0,367
Écart entre enseignants0,296 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations49
Publié2013
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueNucleic Acids ResearchMême sujetCancer-related gene regulationTravaux en français237 207