Abstract 1931: Development of a functional assay for the determination of BRCA1 carrier status.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Germline mutations in the breast cancer susceptibility gene BRCA1 confer an overall lifetime risk of developing breast cancer of up to 80%. Given the high risk of cancer development associated with BRCA1 mutation carriers, it is important that they be identified early and accurately. However, identification is impeded by the number of Variants of Unknown Significance (VUS), therefore there is compelling rationale for a functional assay that will identify pathogenic mutations. Previous work in our lab developed a novel functional assay to predict BRCA1 status based on gene expression profiles. That study analyzed EBV-transformed lymphoblastoid cell lines (LCLs) of BRCA1 mutation carriers (BRCA1+/−) and controls (BRCA1+/+) and found that lymphocytes from BRCA1 carriers could be distinguished with high fidelity (∼90% accuracy) from individuals with two wild type copies of the gene. Interestingly, carriers were recognized through their basal gene expression profiles. Global gene expression level changes following ionizing radiation (IR) to induce the DNA damage response (DDR) did not support the development of an accurate class predictor. The final predictor included a set of 43 genes. Many of these genes were also markers of differentiation in blood cells. A subset of these genes have now been validated in LCLs using qRT-PCR and protein-based methods including single reaction monitoring mass spec (SRM-MS) and flow cytometry. These assays were able to distinguish BRCA1 mutation carriers from controls based on the expression levels of specific markers, including genes with known roles in lymphocyte differentiation. Using these techniques, ongoing work is being done to test the ability of these markers to discriminate BRCA1 mutation carriers from controls using lymphocytes isolated from fresh blood samples. Citation Format: Lauren Bathurst, Paolo Uy, Harriet Feilotter, Scott Davey. Development of a functional assay for the determination of BRCA1 carrier status. [abstract]. In: Proceedings of the 104th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2013 Apr 6-10; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2013;73(8 Suppl):Abstract nr 1931. doi:10.1158/1538-7445.AM2013-1931
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».