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Enregistrement W2043866186 · doi:10.1093/nar/gku413

Ligand-dependent corepressor contributes to transcriptional repression by C2H2 zinc-finger transcription factor ZBRK1 through association with KRAB-associated protein-1

2014· article· en· W2043866186 sur OpenAlexafffund
Mario R. Calderon, Mark Verway, R. O. Benslama, Marius Birlea, Manuella Bouttier, V. Dimitrov, Sylvie Mader, John H. White

Notice bibliographique

RevueNucleic Acids Research · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Chromatin Dynamics
Établissements canadiensUniversité de MontréalInstitute for Research in Immunology and CancerMcGill University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchUniversité de Montréal
Mots-clésCorepressorBiologyZinc fingerTranscription factorHistoneChromatinHistone H3EpigeneticsCell biologyRegulation of gene expressionSp1 transcription factorPromoterRepressorMolecular biologyCancer researchGene expressionGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We identified a novel interaction between ligand-dependent corepressor (LCoR) and the corepressor KRAB-associated protein-1 (KAP-1). The two form a complex with C2H2 zinc-finger transcription factor ZBRK1 on an intronic binding site in the growth arrest and DNA-damage-inducible α (GADD45A) gene and a novel site in the fibroblast growth factor 2 (FGF2) gene. Chromatin at both sites is enriched for histone methyltransferase SETDB1 and histone 3 lysine 9 trimethylation, a repressive epigenetic mark. Depletion of ZBRK1, KAP-1 or LCoR led to elevated GADD45A and FGF2 expression in malignant and non-malignant breast epithelial cells, and caused apoptotic death. Loss of viability could be rescued by simultaneous knockdowns of FGF2 and transcriptional coregulators or by blocking FGF2 function. FGF2 was not concurrently expressed with any of the transcriptional coregulators in breast malignancies, suggesting an inverse correlation between their expression patterns. We propose that ZBRK1, KAP-1 and LCoR form a transcriptional complex that silences gene expression, in particular FGF2, which maintains breast cell viability. Given the broad expression patterns of both LCoR and KAP-1 during development and in the adult, this complex may have several regulatory functions that extend beyond cell survival, mediated by interactions with ZBRK1 or other C2H2 zinc-finger proteins.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2014
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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