PCR identification of durum wheat BAC clones containing genes coding for carotenoid biosynthesis enzymes and their chromosome localization
Notice bibliographique
Résumé
Carotenoids are essential components in all plants. Their accumulation in wheat seed determines the endosperm colour, which is an important quality trait in wheat. In this study, we report the isolation of BAC clones containing genes coding for three different enzymes of the carotenoid biosynthesis pathway: phytoene synthase (PSY), phytoene desaturase (PDS), and zeta-carotene desaturase (ZDS). Primers were designed on the basis of wheat ESTs similar to the sequences of these three genes in other species, and used to screen a BAC library from Triticum turgidum var. durum (2n = 28, genomes AABB). Eight, six, and nine 384-well plates containing at least one positive clone were found for PSY, PDS, and ZDS, respectively. BACs selected for each of these genes were then divided in two groups corresponding to the A and B genomes of tetraploid wheat, based on differences in the length of the PCR amplification products, conformation-sensitive gel electrophoresis (CSGE), or cleavage amplification polymorphisms. Positive clones were then assigned to chromosomes using a set of D genome substitution lines in T. turgidum var. durum 'Langdon'. PSY clones were localized on chromosomes 5A and 5B, PDS on chromosomes 4A and 4B, and ZDS on chromosomes 2A and 2B. The strategies used for the PCR screening of large BAC libraries and for the differentiation of BAC clones from different genomes in a polyploid species are discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».