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Enregistrement W2044567735 · doi:10.1002/bip.10419

DNA interaction with Mn<sup>2+</sup> ions at elevated temperatures: VCD evidence of DNA aggregation

2003· article· en· W2044567735 sur OpenAlexaff
Valery Andrushchenko, Hans van de Sande, Hal Wieser

Notice bibliographique

RevueBiopolymers · 2003
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA and Nucleic Acid Chemistry
Établissements canadiensHeritage Medical Research ClinicUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDNA condensationChemistryDNACircular dichroismIonDenaturation (fissile materials)CrystallographyMetal ions in aqueous solutionCondensationSpectroscopyAnalytical Chemistry (journal)Nuclear chemistryOrganic chemistryBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Interaction of natural calf thymus DNA with Mn(2+) ions was studied at room temperature and at elevated temperatures in the range from 23 degrees C to 94 degrees C by means of IR absorption and vibrational circular dichroism (VCD) spectroscopy. The Mn(2+) concentration was varied between 0 and 1.3M (0 and 10 [Mn]/[P]). The secondary structure of DNA remained in the frame of the B-form family in the whole ion concentration range at room temperature. No significant DNA denaturation was revealed at room temperature even at the highest concentration of metal ions studied. However at elevated temperatures, DNA denaturation and a significant decrease of the melting temperature of DNA connected with a decrease of the stability of DNA induced by Mn(2+) ions occurred. VCD demonstrated sensitivity to DNA condensation and aggregation as well as an ability to distinguish between these two processes. No condensation or aggregation of DNA was observed at room temperature at any of the metal ion concentrations studied. DNA condensation was revealed in a very narrow range of experimental conditions at around 2.4 [Mn]/[P] and about 55 degrees C. DNA aggregation was observed in the presence of Mn(2+) ions at elevated temperatures during or after denaturation. VCD spectroscopy turned out to be useful for studying DNA condensation and aggregation due to its ability to distinguish between these two processes, and for providing information about DNA secondary structure in a condensed or aggregated state.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,243
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations39
Publié2003
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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