Molecular modeling utilizing purple acid phosphatase biomimetic models
Notice bibliographique
Résumé
Purple acid phosphatases (PAPs) constitute a new class of metalloenzymes that catalyze the hydrolysis of certain phosphate esters, including nucleoside di- and triphosphates and aryl phosphates, under acidic conditions. To provide some insight into these metalloenzymes we have performed quantum chemical and molecular mechanics calculations based on the mixed-valence [Fe II Fe III (BPBPMP)(OAc) 2 ] + model complex (1) (H 2 BPBPMP = 2-bis[{(2-pyridylmethyl)-aminomethyl}-6-{(2-hydroxybenzyl)-(2-pyridylmethyl)}-aminomethyl]-4-methylphenol). The geometric and the vibrational parameters calculated by molecular mechanics show that the force fields established in this work reproduce the binuclear iron core with µ-phenoxo or µ-alkoxo and di-µ-acetate bridges presented in the PAPs model complexes. The atomic orbital analysis of the SOMO contributions indicated that the Fe III atom and the terminal phenolate are involved in the phenolate to Fe III charge transfer electronic transition in 1 as argued from electronic spectroscopic data in the PAPs. Key words: mixed-valence Fe II Fe III complex, purple acid phosphatases, molecular modeling.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».