Evidence for an Unfolding/Threading Mechanism for Protein Disaggregation by Saccharomyces cerevisiae Hsp104
Notice bibliographique
Résumé
Saccharomyces cerevisiae Hsp104, a hexameric member of the Hsp100/Clp subfamily of AAA+ ATPases with two nucleotide binding domains (NBD1 and 2), refolds aggregated proteins in conjunction with Hsp70 molecular chaperones. Hsp104 may act as a "molecular crowbar" to pry aggregates apart and/or may extract proteins from aggregates by unfolding and threading them through the axial channel of the Hsp104 hexamer. Targeting Tyr-662, located in a Gly-Tyr-Val-Gly motif that forms part of the axial channel loop in NBD2, we created conservative (Phe and Trp) and non-conservative (Ala and Lys) amino acid substitutions. Each of these Hsp104 derivatives was comparable to the wild type protein in their ability to hydrolyze ATP, assemble into hexamers, and associate with heat-shock-induced aggregates in living cells. However, only those with conservative substitutions complemented the thermotolerance defect of a Deltahsp104 yeast strain and promoted refolding of aggregated protein in vitro. Monitoring fluorescence from Trp-662 showed that titration of fully assembled molecules with either ATP or ADP progressively quenches fluorescence, suggesting that nucleotide binding determines the position of the loop within the axial channel. A Glu to Lys substitution at residue 645 in the NBD2 axial channel strongly alters the nucleotide-induced change in fluorescence of Trp-662 and specifically impairs in protein refolding. These data establish that the structural integrity of the axial channel through NBD2 is required for Hsp104 function and support the proposal that Hsp104 and ClpB use analogous unfolding/threading mechanisms to promote disaggregation and refolding that other Hsp100s use to promote protein degradation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».