Is Speciation Accompanied by Rapid Evolution? Insights from Comparing Reproductive and Nonreproductive Transcriptomes in<i>Drosophila</i>
Notice bibliographique
Résumé
The tempo and mode of evolutionary change during speciation have remained contentious until recently. While much of the evidence claiming speciation is an abrupt and rapid process comes from fossil data, recent molecular phylogenetics show that the background of gradual evolution is often broken by accelerated rates of molecular evolution during speciation. However, what kinds of genes affect or are affected by speciation remains unexplored. Our analysis of 4843 protein-coding genes in five species of the Drosophila melanogaster subgroup shows that while ~70% of genes follow clock-like evolution, between 17-19.67% of loci show signatures of accelerated rates of evolution in recently formed species. These genes show 2-3-fold higher rates of substitution in recently diverged species compared to older species. This fraction of loci affects a diverse range of functions. Only a small proportion of reproductive genes experience speciation-related accelerated changes but many sex-and -reproduction related genes show an interesting pattern of persistent rapid evolution suggesting that sex-and-reproduction related genes are under constant selective pressures. The identification of loci associated with accelerated evolution allows us to address the mechanisms of rapid evolution and speciation, which in our study appears to be a combination of both selection and rapid demographical changes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».