DNA repair in lupus
Notice bibliographique
Résumé
The myriad of mouse genetic alterations that result in a lupus-like phenotype and the >100 genes now known to be involved in human lupus are all probably only a hint at the potential complexity of the many mechanisms that lead to systemic lupus erythematosus (SLE). We have applied exome sequencing to 24 SLE patients and their parents (trios) in an effort to conquer the data analysis and to identify candidate genes that may contribute when the activity of their gene products were substantially altered. The proband of one of our SLE trios had de novo mutations in RAD54B that was predicted to change ARG to GLN and to be severely damaging to protein product activity by multiple algorithms. A second much more conservative de novo mutation in DOCK8 was not predicted to be consequential. RAD54B is a component of the homologous recombination DNA repair pathway. Cells from the SLE proband were unusually sensitive to ionizing radiation by the colony survival and comet tail assays. Ionizing radiation selectively induced interferon responsive genes in cells from this patient and not from controls. Transfection of the wild-type gene into the cells from this patient led to overexpression of the RAD54B gene product and returned ionizing radiation resistance toward normal. These data in addition to the other five other genes directly or indirectly involved in altering risk of SLE by influencing DNA repair ( TREX1, RAD51B, XRCC1, XRCC3 , and XRCC4 ) implicate base excision repair, nonhomologous end joining, and homologous recombination. These results suggest that multiple DNA repair mechanisms contribute to SLE susceptibility.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».