Proteomics, Genomics, and Pathway Analyses of<i>Escherichia coli</i>and<i>Staphylococcus aureus</i>Infected Milk Whey Reveal Molecular Pathways and Networks Involved in Mastitis
Notice bibliographique
Résumé
Gram-negative and -positive bacteria elicit different response patterns by the host. The proteomic profiles of milk whey samples from cows naturally infected with Escherichia coli or Staphyloccocus aureus as compared to whey from healthy cows were determined by one-dimensional, liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS), bioinformatics processing, and pathway analyses. Since mammary epithelial cells contribute to immune responses in mammary glands, the genes of selected proteins were measured in MAC-T cells by real time quantitative PCR (qPCR) after stimulation with heat inactivated E. coli strain P4 and S. aureus strain Smith CP bacteria. A total of 173 proteins were identified including 73 proteins differentially expressed among normal, E. coli, and S. aureus treatment groups. E. coli was more effective at significantly altering the concentration of the affected proteins. The mRNA of 23 proteins out of 24 measured by qPCR was significantly altered in MAC-T cells. Pathway analyses identified top canonical pathways significantly enriched in our samples, the most significant being the acute phase response signaling pathway. Also, top networks of genes with significant associations to identified proteins were identified. Our study has demonstrated a wider proteome profile of E. coli and S. aureus mastitic milk whey, identified more low abundant defense proteins than reported before, and has linked for the first time identified proteins to several network functions and Biocarta pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».