The Development and Applications of Nonradioactive Plate-Formatted DNA-Binding Assay for Ku70/80, a Multifunctional DNA-Binding Protein Complex
Notice bibliographique
Résumé
Ku is a heterodimer composed of p70 and p80, and is the regulatory subunit of DNA-dependent protein kinase. As a multifunctional DNA-binding protein complex, Ku plays important roles in DNA damage repair through non-homologous end joining and in V(D)J recombination. In addition, Ku has also been implicated in various biological functions including growth control, cell proliferation, cell cycle, chromosome maintenance, transcriptional regulation, apoptosis, and viral infection. In particular, using our Inverse Genomics (Immusol, Inc., San Diego, CA) platform technology, we recently identified Ku80 as an essential co-factor for human immunodeficiency virus replication. Although Ku has been studied extensively in the past years, its in-depth study as well as development as a drug target has been limited by conventional DNA-binding activity assay. Here we describe the development and applications of a nonradioactive DNA binding assay in the 96-well format. We show that this plate-formatted assay is more sensitive and allows for direct quantification when compared with an electrophoretic mobility shift assay. The establishment of this assay will not only facilitate structure and function studies on Ku, but also help the development of Ku protein or its DNA repair enzyme complex as a drug target.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,005 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».