Probing the Structural Determinants of Type II‘ β-Turn Formation in Peptides and Proteins
Notice bibliographique
Résumé
The structural determinants of type II' beta-turns were probed through a comprehensive CD, NMR, and molecular dynamics analysis of 10 specially designed beta-hairpin peptides. The peptide model used in this study is a synthetic, water-soluble, 14-residue cyclic analogue of gramicidin S which contains two well-defined type II' beta-turns connected by a highly stable, amphipathic, antiparallel beta-sheet. A variety of coded and noncoded amino acids were systematically substituted in one of the two type II' turns to analyze the effects of backbone chirality, side-chain steric restriction, and side-chain/side-chain interactions. beta-Sheet content (as measured through a variety of experimental methods), molecular dynamics, and 3D structural analysis of the turn regions were used to assess the effects of each amino acid substitution on type II' beta-turn stabilization. Our results demonstrate that backbone heterochirality, which determines equatorial and axial side-chain orientation at the i+1 and i+2 residues of type II' turns, may account for up to 60% of type II' beta-turn stabilization. Steric restriction through side-chain N-alkylation appears to enhance type II' beta-turn propensity and may account for up to 20% of type II' beta-turn stabilization. Finally, aromatic/proline side-chain interactions appear to account for approximately 10% of type II' beta-turn stabilization. We believe this information could be particularly useful for the prediction of beta-turn propensity, the development of peptide-based drugs, and the de novo design of peptides, proteins, and peptidyl mimetics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».