Long Range Communication between Exosites 1 and 2 Modulates Thrombin Function
Notice bibliographique
Résumé
Although exosites 1 and 2 regulate thrombin activity by binding substrates and cofactors and by allosterically modulating the active site, it is unclear whether there is direct allosteric linkage between the two exosites. To begin to address this, we first titrated a thrombin variant fluorescently labeled at exosite 1 with exosite 2 ligands, HD22 (a DNA aptamer), gamma'-peptide (an analog of the COOH terminus of the gamma'-chain of fibrinogen) or heparin. Concentration-dependent and saturable changes in fluorescence were elicited, supporting inter-exosite linkage. To explore the functional consequences of this phenomenon, we evaluated the capacity of exosite 2 ligands to inhibit thrombin binding to gamma(A)/gamma(A)-fibrin, an interaction mediated solely by exosite 1. When gamma(A)/gamma(A)-fibrinogen was clotted with thrombin in the presence of HD22, gamma'-peptide, or prothrombin fragment 2 there was a dose-dependent and saturable decrease in thrombin binding to the resultant fibrin clots. Furthermore, HD22 reduced the affinity of thrombin for gamma(A)/gamma(A)-fibrin 6-fold and accelerated the dissociation of thrombin from preformed gamma(A)/gamma(A)-fibrin clots. Similar responses were obtained when surface plasmon resonance was used to monitor the interaction of thrombin with gamma(A)/gamma(A)-fibrinogen or fibrin. There is bidirectional communication between the exosites, because exosite 1 ligands, HD1 (a DNA aptamer) or hirudin-(54-65) (an analog of the COOH terminus of hirudin), inhibited the exosite 2-mediated interaction of thrombin with immobilized gamma'-peptide. These findings provide evidence for long range allosteric linkage between exosites 1 and 2 on thrombin, revealing further complexity to the mechanisms of thrombin regulation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».