Mass Spectrometric Methods for Generation of Protein Mass Database Used for Bacterial Identification
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The availability of a suitable database is critical in a proteomic approach for bacterial identification by mass spectrometry (MS). The major limitation of the present public proteome database is the lack of extensive low-mass bacterial protein entries with masses experimentally verified for most bacteria. Here, we present a method based on mass spectrometry to create protein mass tables specifically tailored for bacterial identification. Several issues related to the detection of bacterial proteins for the purpose of database creation are addressed. Three species of bacteria, namely, Escherichia coli, Bacillus megaterium, and Citrobacter freundii, which can be found in the ambient environment, were chosen for this study. Direct matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) MS analysis of each bacterial extract reveals 20-29 protein components in the mass range from 2000 to 20,000 Da. HPLC fractionation of bacterial extracts followed by off-line MALDI-TOF analysis of individual fractions detects 156-423 components. Analysis of the extracts by HPLC/electrospray ionization MS shows the number of detectable proteins in the range of 46-59. Although a number of components were common to the three detection schemes employed, some unique components were found using each of these techniques. In addition, for E. coli where a large proteome database exists in the public domain, a number of masses detected by the mass spectrometric methods do not match with the proteome database. Compared to the public proteome database, the mass tables generated in this work are demonstrated to be more useful for bacterial identification in an application where the bacteria of interest have limited protein entries in the public database. The implication of this work for future development of a comprehensive mass database is discussed.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle