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Enregistrement W2045799355 · doi:10.1186/1756-0500-3-85

Regulation of PCNA polyubiquitination in human cells

2010· article· en· W2045799355 sur OpenAlexaff
J Brun, Roland K. Chiu, Bradly G. Wouters, Douglas A. Gray

Notice bibliographique

RevueBMC Research Notes · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA Repair Mechanisms
Établissements canadiensOntario Institute for Cancer ResearchUniversity of OttawaPrincess Margaret Cancer CentreHealth Canada
Organismes subventionnairesNational Cancer Institute
Mots-clésUbiquitinProliferating cell nuclear antigenCell biologyComputational biologyMedicineBioinformaticsCancer researchComputer scienceBiologyBiochemistryCell growthGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: The ubiquitin-based molecular switch dictating error free versus error prone repair has been conserved throughout eukaryotic evolution. A central component of this switch is the homotrimeric clamp PCNA, which is ubiquitinated in response to genotoxic stress allowing recovery of replication forks blocked at sites of DNA damage. The particulars of PCNA ubiquitination have been elucidated in yeast and to a further extent recently in human cells. However, gaps in the detailed mechanism and regulation of PCNA polyubiquitination still persist in human cells. FINDINGS: We expand upon several studies and show that PCNA is polyubiquitnated in normal skin fibroblasts, and that this ubiquitination is dependant on RAD18. Furthermore we define the types of DNA damage that induce ubiquitination on PCNA. Cisplatin, methylmethane sulphonate and benzo(a)pyrene-diol-epoxide induce the polyubiquitination of PCNA to the same extent as UV while polyubiquitination is not detected after X-ray treatment. Moreover, we show that ubiquitination of PCNA is not regulated by cell cycle checkpoint kinases ATM-Chk2 or ATR-Chk1. Significantly, we report that PCNA polyubiquitination is negatively regulated by USP1. CONCLUSIONS: Our results demonstrate the importance of PCNA polyubiquitination in human cells and define the key regulator of this ubiquitination.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,061
Tête enseignante GPT0,382
Écart entre enseignants0,321 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations28
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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