Inhibition of a Cathepsin L-Like Cysteine Protease by a Chimeric Propeptide-Derived Inhibitor
Notice bibliographique
Résumé
Like other papain-related cathepsins, congopain from Trypanosoma congolense is synthesized as a zymogen. We have previously identified a proregion-derived peptide (Pcp27), acting as a weak and reversible inhibitor of congopain. Pcp27 contains a 5-mer YHNGA motif, which is essential for selectivity in the inhibition of its mature form [Lalmanach, G., Lecaille, F., Chagas, J. R., Authié, E., Scharfstein, J., Juliano, M. A., and Gauthier, F. (1998) J. Biol. Chem. 273, 25112-25116]. In the work presented here, a homology model of procongopain was generated and subsequently used to model a chimeric 50-mer peptide (called H3-Pcp27) corresponding to the covalent linkage of an unrelated peptide (H3 helix from Antennapedia) to Pcp27. Molecular simulations suggested that H3-Pcp27 (pI = 9.99) maintains an N-terminal helical conformation, and establishes more complementary electrostatic interactions (E(coul) = -25.77 kcal/mol) than 16N-Pcp27, the 34-mer Pcp27 sequence plus the 16 native residues upstream from the proregion (E(coul) = 0.20 kcal/mol), with the acid catalytic domain (pI = 5.2) of the mature enzyme. In silico results correlated with the significant improvement of congopain inhibition by H3-Pcp27 (K(i) = 24 nM), compared to 16N-Pcp27 (K(i) = 1 microM). In addition, virtual alanine scanning of H3 and 16N identified the residues contributing most to binding affinity. Both peptides did not inhibit human cathepsins B and L. In conclusion, these data support the notion that the positively charged H3 helix favors binding, without modifying the selectivity of Pcp27 for congopain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».