Repetitive element (REP)-polymerase chain reaction (PCR) analysis of <i>Escherichia coli</i> isolates from recreational waters of southeastern Lake Huron
Notice bibliographique
Résumé
Repetitive element-polymerase chain reaction (REP-PCR) DNA fingerprinting and library-based microbial source tracking (MST) methods were utilized to investigate the potential sources of Escherichia coli pollution in recreational waters of southeastern Lake Huron. In addition to traditional sources such as humans, agriculture, and wildlife, environmentally persistent E. coli isolates were included in the identification library as a separate library unit consisting of the E. coli strains isolated from interstitial water on the beach itself. Our results demonstrated that the dominant source of E. coli pollution of the lake was agriculture, followed by environmentally adapted E. coli strains, wildlife, and then humans. A similar ratio of contributing sources was observed in all samples collected from various locations including the river discharging to the beach in both 2005 and 2006. The high similarity between the compositions of E. coli communities collected simultaneously in the river and in the lake suggests that tributaries were the major overall sources of E. coli to the lake. Our findings also suggest that environmentally adapted strains (EAS) of E. coli should be included as one of the potential sources in future microbial source tracking efforts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».