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Enregistrement W2046082817 · doi:10.1021/ja994111d

Deuterium NMR Reveals Helix Packing Interactions in Phospholamban

2000· article· en· W2046082817 sur OpenAlexaff
Weiwen Ying, S. E. Irvine, Richard A. Beekman, D. Siminovitch, Steven O. Smith

Notice bibliographique

RevueJournal of the American Chemical Society · 2000
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA and Nucleic Acid Chemistry
Établissements canadiensUniversity of Lethbridge
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPhospholambanPentamerChemistryCrystallographyHelix (gastropod)Transmembrane domainSteric effectsQuadrupoleSide chainMembraneStereochemistryEndoplasmic reticulumOrganic chemistryBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Phospholamban is an integral membrane protein having a single membrane-spanning helix which forms a pentameric complex in cardiac and smooth muscle cell membranes. Deuterium NMR measurements of leucine residues in the transmembrane domain of the protein provide a novel approach for establishing the rotational orientation of the phospholamban monomer within the complex. At 5 °C, the spectra of Leu43 and Leu44 are similar and exhibit a quadrupole splitting of 33 kHz. This splitting is slightly narrower than the ∼40 kHz splitting which results solely from rapid methyl group rotation. The deuterium line shape of Leu42 has lost the distinctive 33-kHz quadrupole splitting due to increased librational motion of the side chain and/or rotation about the C α −C β and C β −C γ bonds. The observed line shapes of the three consecutive leucine residues in phospholamban are consistent with Leu42 being oriented toward the lipids, where it exhibits fewer steric contacts, and Leu43 and Leu44 being oriented toward helix interfaces which restrict their motion. Possible packing arrangements of the three transmembrane leucine residues in the phospholamban pentamer are examined using computational methods to assess the packing restrictions of the leucine side chains. The results are discussed in terms of models of the phospholamban pentamer previously proposed on the basis of mutational data.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,022
Score d'incertitude au seuil0,334

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,257
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations33
Publié2000
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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