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Enregistrement W2046089013 · doi:10.1094/pdis.2004.88.4.427c

First Report of <i>Blueberry scorch virus</i> in Cranberry in Canada and the United States

2004· article· en· W2046089013 sur OpenAlexaffabout
L. A. Wegener, Zamir K. Punja, Robert R. Martín

Notice bibliographique

RevuePlant Disease · 2004
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Virus Research Studies
Établissements canadiensSimon Fraser University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyBogVacciniumPolymerase chain reactionGenBankBotanyVirologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Blueberry scorch disease, caused by the carlavirus Blueberry scorch virus(BlScV), is a serious disease of highbush blueberry (Vaccinium corymbosum L.) in North America and Europe. Symptoms of BlScV infection in highbush blueberry include necrosis of flower blossoms and young leaves, shoot blight, and chlorosis. In June 2003, BlScV was detected for the first time in cranberry (Vaccinium macrocarpon L.) in Abbotsford, British Columbia, Canada using double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA). Ten uprights were sampled from different locations in the bog, seven of which tested positive using DAS-ELISA. To confirm infection, total nucleic acid was extracted from infected cranberry leaf tissue according to an established protocol (2). Primers were developed against the published NJ-2 sequence of BlScV (GenBank Accession No. NC_003499). The forward primer, BS4586F (5'-CTTCAGGATGAGTGGTGCAA-3'), and the reverse primer, BS5164R (5'-CGCGTGCTGGAAGCATACAA-3'), were used in reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) to amplify a portion of the RNA-dependent RNA polymerase gene of BlScV. The amplicons of the expected size were sequenced and the nucleotide sequence of the product showed 82% homology, and the predicted amino acid sequence had 91% homology with the published NJ-2 sequence. A random survey for BlScV in cranberry bogs in the Pacific Northwest Region of North America was conducted. Testing revealed the presence of BlScV in 7 of 42 bogs in British Columbia, Canada, 2 of 12 bogs in Oregon, and 3 of 18 bogs in Washington. Nucleotide sequencing of RT-PCR products of BlScV from a Washington bog showed 87 and 96% homology at the nucleotide and predicted amino acid level, respectively, in the methyltransferase of the NJ-2 strain using forward primer, BS276F (5'-CCGTCTGCAAGACATTAGAG-3'), and reverse primer, BS743R (5'-TCTTCTTCACCTCGTACTCG-3'). Several bogs had a high incidence of BlScV infection, with over 70% of the sampled uprights testing positive. Some infected cranberry bogs were adjacent to infected blueberry fields, while others were isolated. Transmission of the virus is likely to have occurred by aphids, which are known to be vectors of BlScV (1). Presently, BlScV appears to be asymptomatic in cranberry. To our knowledge, this is the first report of BlScV infecting cranberry. The potential for infection of other Vaccinium spp., such as lowbush blueberry (V. angustifolium Aiton), rabbiteye blueberry (V. ashei Reade), native Pacific Northwest species (V. membranaceum Douglas ex Torrey, V. ovatum Pursh, and V. parvifolium Smith), and ornamental Vaccinium spp. needs to be investigated. References: (1) P. R. Bristow et al. Phytopathology 90:474, 2000. (2) D. W. Hughes and G. Galau. Plant Mol. Biol. Rep. 6:253, 1988.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,032
Score d'incertitude au seuil0,115

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,198 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2004
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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