Topology of the selectivity filter of a TRPV channel: rapid accessibility of contiguous residues from the external medium
Notice bibliographique
Résumé
The transient receptor potential type V5 (TRPV5) channel is a six-transmembrane domain ion channel that is highly selective to Ca(2+). To study the topology of the selectivity filter using the substituted cysteine accessibility method (SCAM), cysteine mutants at positions 541-547 were studied as heterotetramers using dimeric constructs that couple the control channel in tandem with a cysteine-bearing subunit. Whole cell currents of dimeric constructs D542C, G543C, P544C, A545C, and Y547C were rapidly inhibited by positively charged 2-(trimethyl ammonium)methyl methane thiosulfonate bromide (MTSMT), 2-(aminoethyl)methane thiosulfonate bromide (MTSEA), and 2-(trimethyl ammonium)ethyl methane thiosulfonate bromide (MTSET) reagents, whereas D542C, P544C, and A545C were inhibited only by negatively charged sodium 2-(sulfonatoethyl)methane thiosulfonate (MTSES). In contrast, the I541C dimer remained insensitive to positive and negative reagents. However, I541C/D542G and I541C/D542N dimeric constructs were rapidly (<30 s) and strongly inhibited by positively and negatively charged methane thiosulfonate reagents, suggesting that removing two of the four carboxylate residues at position 542 disrupts a constriction point in the selectivity filter. Taken together, these results establish that the side chains of contiguous amino acids in the selectivity filter of TRPV5 are rapidly accessible from the external medium, in contrast to the three-dimensional structure of the selectivity filter in K(+) channels, where main chain carbonyls were shown to project toward a narrow permeation pathway. The I541C data further suggest that the selectivity filter of the TRPV5 channel espouses a specific conformation that restrains accessibility in the presence of four carboxylate residues at position 542.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».