Genome-wide gene expression profiling of stress response in a spinal cord clip compression injury model
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The aneurysm clip impact-compression model of spinal cord injury (SCI) is a standard injury model in animals that closely mimics the primary mechanism of most human injuries: acute impact and persisting compression. Its histo-pathological and behavioural outcomes are extensively similar to human SCI. To understand the distinct molecular events underlying this injury model we analyzed global mRNA abundance changes during the acute, subacute and chronic stages of a moderate to severe injury to the rat spinal cord. RESULTS: Time-series expression analyses resulted in clustering of the majority of deregulated transcripts into eight statistically significant expression profiles. Systematic application of Gene Ontology (GO) enrichment pathway analysis allowed inference of biological processes participating in SCI pathology. Temporal analysis identified events specific to and common between acute, subacute and chronic time-points. Processes common to all phases of injury include blood coagulation, cellular extravasation, leukocyte cell-cell adhesion, the integrin-mediated signaling pathway, cytokine production and secretion, neutrophil chemotaxis, phagocytosis, response to hypoxia and reactive oxygen species, angiogenesis, apoptosis, inflammatory processes and ossification. Importantly, various elements of adaptive and induced innate immune responses span, not only the acute and subacute phases, but also persist throughout the chronic phase of SCI. Induced innate responses, such as Toll-like receptor signaling, are more active during the acute phase but persist throughout the chronic phase. However, adaptive immune response processes such as B and T cell activation, proliferation, and migration, T cell differentiation, B and T cell receptor-mediated signaling, and B cell- and immunoglobulin-mediated immune response become more significant during the chronic phase. CONCLUSIONS: This analysis showed that, surprisingly, the diverse series of molecular events that occur in the acute and subacute stages persist into the chronic stage of SCI. The strong agreement between our results and previous findings suggest that our analytical approach will be useful in revealing other biological processes and genes contributing to SCI pathology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».