Mitochondrial DNA diversity in North American and European Atlantic salmon with emphasis on the Downeast rivers of Maine
Notice bibliographique
Résumé
The displacement loop and NADH‐1 dehydrogenase regions of mitochondrial DNA (mtDNA) were amplified by the polymerase chain reaction in 954 Atlantic salmon and digested with 40 restriction endonucleases. Variation was detected with 10 enzymes, resulting in 21 composite haplotypes which were strongly patterned geographically with a major discontinuity observed between most North American (NA) and European salmon. Significant heterogeneity of haplotype frequencies was found within and among all classification levels (continent, country, and river). Haplotype frequencies were significantly different across continents, within European samples, within NA samples, within Canadian samples, within wild Maine samples, within captive Maine strains, and between captive and wild Maine strains. Nine haplotypes occurred only in NA, seven in Maine, three only in Maine, and 11 occurred only in Europe. Some Maine rivers had only a single haplotype, suggesting that effective population sizes may be low. The second most frequent European haplotype occurred in tributaries to one Newfoundland river. Gene trees based on parsimony and genetic distance suggest that the haplotypes are monophyletic within each continent, and that the haplotype found on both continents is intermediate between those of Europe and NA, suggesting common ancestry of all haplotypes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».