Rapid detection of hepatitis B virus mutations using real-time PCR and melting curve analysis
Notice bibliographique
Résumé
Current methods of detecting hepatitis B virus (HBV) mutations are time consuming, labor intensive, and not suitable for screening large numbers of samples. In the present study, we documented the advantages of a system that exploits differences in thermal stability between perfect match and mismatch hybrids, and thereby distinguishes between wild-type and mutants. Hybridization probes were designed complementary to specific wild-type HBV sequences in surface (S), precore, and basal core promoter (BCP) regions of the HBV genome (nt 587, 1896, and 1762/1764, respectively). Two probes were designed for each mutation: anchor probes were 3' labeled with fluorescein and sensor probes, 5' labeled with LC-Red 640, and 3' phosphorylated. Temperatures for each probe melted from amplification products were then determined in a melting program. Sera from 12 patients, each containing identified HBV mutants (6 S-escape, 1 precore, 1 BCP, and 4 mixed precore and BCP), and 5 control sera from patients with wild-type virus were analyzed. Genomic sequences of mutant and wild-type viruses were confirmed by direct sequencing. Real-time polymerase chain reaction (PCR) with fluorescent hybridization probes accurately identified each mutant and wild-type genome. Melting temperatures obtained from probe-product duplexes for the 3 mutants were distinguished from wild-type (>4.0 degrees C, minimal) within 45 minutes. The sensitivity of the system was 100 copies/mL and as few as 5% of mutant among wild-type virus were detected. In conclusion, real-time PCR with fluorescent hybridization probes is a specific, sensitive, quantitative, and rapid means of detecting clinically relevant HBV mutants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».