Differences between Tissue-Associated Intestinal Microfloras of Patients with Crohn's Disease and Ulcerative Colitis
Notice bibliographique
Résumé
A leading hypothesis for the role of bacteria in inflammatory bowel diseases is that an imbalance in normal gut flora is a prerequisite for inflammation. Testing this hypothesis requires comparisons between the microbiota compositions of ulcerative colitis and Crohn's disease patients and those of healthy individuals. In this study, we obtained biopsy samples from patients with Crohn's disease and ulcerative colitis and from healthy controls. Bacterial DNA was extracted from the tissue samples, amplified using universal bacterial 16S rRNA gene primers, and cloned into a plasmid vector. Insert-containing colonies were picked for high-throughput sequencing, and sequence data were analyzed, yielding species-level phylogenetic data. The clone libraries yielded 3,305 sequenced clones, representing 151 operational taxonomical units. There was no significant difference between floras from inflamed and healthy tissues from within the same individual. Proteobacteria were significantly (P = 0.0007) increased in Crohn's disease patients, as were Bacteroidetes (P < 0.0001), while Clostridia were decreased in that group (P < 0.0001) in comparison with the healthy and ulcerative colitis groups, which displayed no significant differences. Thus, the bacterial flora composition of Crohn's patients appears to be significantly altered from that of healthy controls, unlike that of ulcerative colitis patients. Imbalance in flora in Crohn's disease is probably not sufficient to cause inflammation, since microbiotas from inflamed and noninflamed tissues were of similar compositions within the same individual.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».