Abstract P2-10-20: A tumor DNA complexity index is an independent predictor of survival in a dataset of 1950 breast cancers; a METABRIC group study.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Cancer genomes undergo substantial alterations during carcinogenesis. Patterns of such rearrangements differ with respect to cancer subtypes and may affect crucial parts of the genome. DNA based markers would make clinical implementation more feasible as markers based on RNA expression are challenging due to the intrinsic problem of RNA stability and volatility in expression patterns. Complex genomic rearrangements in breast cancer genomes, quantified by the complex arm-wise aberration index (CAAI), have previously been shown to be of prognostic value. However this finding has not been validated in independent large-scale breast cancer cohorts or compared with other molecular predictors. Methods: A total of 1950 breast carcinomas from the METABRIC cohort with log term follow up were included in this study. Microarray based copy number and expression data from fresh frozen primary tumors were available. Cases were classified as CAAI positive if at least one complex event was present in the tumor genome. The clinical end points were breast cancer specific survival (BCSS) and overall survival (OS). Results: A total of 33 % of breast cancer cases were CAAI positive with a Cox proportional hazard ratio (HR) of 1.78 (95% CI, 1.49–2.12) for BCSS. Using multivariate Cox regression the adjusted HR for BCSS of 1.42 (95% CI, 1.12–1.80) and 1.44 (95% CI, 1.02–2.03) in estrogen receptor positive (ER+) and estrogen receptor negative breast cancers, respectively. Gene expression classifiers based on OncotypeDX and MammaPrint were not independently prognostic in the ER− subset. Significant difference in survival was both seen in patients that received systemic treatment, and in patients that did not. Conclusions: DNA based prognostic profiling is a robust method for both fresh frozen and FFPE tumor material. This study shows that complex genomic alterations of tumor DNA, measured as CAAI, is an independent predictor of survival in breast cancer, in both ER+ and ER− disease in a large scale breast cancer cohort with long term follow up. The effect seems unrelated to systemic endocrine treatment or chemotherapy. Citation Information: Cancer Res 2012;72(24 Suppl):Abstract nr P2-10-20.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».