Protein Denaturation in Vacuo. Behavior of the Four-α-Helix Bundle of Apocytochrome <i>c</i><i>‘</i> under Centrifugal Unfolding Conditions
Notice bibliographique
Résumé
Experiments and simulations on dry proteins in a low-pressure gas suggest that unfolding and refolding transitions are possible even in the absence of water. Here, we use computer simulations of molecular dynamics to gain further insight into the microscopic mechanisms underlying protein denaturation in vacuo. Recent studies of neutral lysozyme provide an initial guide into the principles at play during the in vacuo unfolding of a multidomain protein. In this work, we contrast its behavior with that of cytochrome c ‘; this protein has the same chain length as lysozyme, but it is organized as a four-α-helix bundle. Using an ensemble of molecular dynamics trajectories for cytochrome c ‘, we discuss the qualitative response that follows the imposition of unfolding conditions. The unfolding bias is caused by small, yet systematic, “centrifugal” forces associated with unrestrained spinning in vacuo. The emerging mechanisms appear to depend on the native fold. Whereas lysozyme exhibits a fast denaturing transition, cytochrome c ‘ exhibits restricted deformations within the same time scale. Two characteristic behaviors are found. In the more common response, the protein undergoes a limited reduction in secondary structure, and relaxation leads back to quasi-native states. In the less common response, cytochrome c ‘ unfolds partially by losing compactness and tertiary contacts in a correlated manner. Our approach illustrates the usefulness of centrifugal unfolding in vacuo as a tool to detect large-scale configurational motions accessible to the native state. The method provides insight into (a) possible pathways associated with the initial steps of unfolding and (b) a qualitative survey of regions of configurational space connecting the native state attractor with the denatured “state”. In this regard, we show for the first time how the same denatured “state” can be reached not only by direct unfolding of the native state but also by re-unfolding of partly folded intermediates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».