Genome-wide analyses of phenylpropanoid-related genes in Populus trichocarpa, Arabidopsis thaliana, and Oryza sativa: the Populus lignin toolbox and conservation and diversification of angiosperm gene familiesThis article is one of a selection of papers published in the Special Issue on Poplar Research in Canada.
Notice bibliographique
Résumé
The completion of the Populus trichocarpa (Torr. & A. Gray) (poplar) genome sequence offers an opportunity to study complete genome families in a third fully sequenced angiosperm (after Arabidopsis and rice) and to conduct comparative genomics studies of angiosperm gene family evolution. We focussed on gene families encoding phenylpropanoid and phenylpropanoid-like enzymes, and identified and annotated the full set of genes encoding these and related enzymes in the poplar genome. We used a similar approach to identify an analogous set of genes from the rice genome and generated phylogenetic trees for nine phenylpropanoid gene families from aligned poplar, Arabidopsis, and rice predicted protein sequences. This enabled us to identify the likely full set of bona fide poplar lignin-related phenylpropanoid genes (poplar “lignification toolbox”) apparent within well-defined clades in all phylogenetic trees. Analysis of expression data for poplar genes confirmed and refined annotations of lignin-related genes, which generally showed high expression in wood-forming tissues. Expression data from both poplar and Arabidopsis were used to make inferences regarding biochemical and biological functions of phenylpropanoid-like genes with unknown functions. The comparative approach also provided insights into the evolution of angiosperm phenylpropanoid-like gene families, illustrating lineage-specific clades as well as ancient clades containing genes with apparent conserved function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».