Evolution of Mitochondrial DNA Variation within and among Yukon River Chum Salmon Populations
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We surveyed seven regions of the mitochondrial DNA (mtDNA) genome for restriction site variation to investigate the evolution of genetic variability in chum salmon Oncorhynchus keta from the Yukon River. Chum salmon from other Alaska regions were also analyzed to provide context for mtDNA variation. No divergence was observed in mtDNA haplotype frequency distributions among Yukon River populations, but divergence was observed across Alaska. The haplotype genealogy identified two lineages, and nested clade analysis revealed significant relationships between the geographical distribution of haplotypes and their genealogy for a two‐step clade (which predominates in the Yukon River), a three‐step clade, and for the total cladogram. The demographic signal detected for the two‐step clade was consistent with isolation by distance, whereas contiguous range expansion was identified for the three‐step clade and the total cladogram. The absence of signals of historical fragmentation suggests that incomplete lineage sorting is responsible for paraphyly within the Yukon River. Mismatch analysis reveals either that an ancestral Yukon River population underwent a post‐Pleistocene expansion followed by subdivision or that expansion and subdivision coincided. Although restriction site analysis of mtDNA is of limited use for Yukon River chum salmon fishery management applications (e.g., mixed‐stock analysis), it is useful for separating population history from contemporary processes and aids our understanding of Yukon River chum salmon evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».