Estimation of specificity and sensitivity of three diagnostic tests for infectious salmon anaemia virus in the absence of a gold standard
Notice bibliographique
Résumé
Reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), virus isolation (VI) and indirect fluorescent antibody test (IFAT) are three tests currently used by the salmon industry to identify fish infected with the infectious salmon anaemia virus (ISAV). However, very limited information is available on the sensitivity and specificity of these methods. In order to evaluate these tests in fish representing a range of farmed Atlantic salmon populations, five laboratories participated in a blind study of 400 kidney samples from four groups of fish with different prevalences of ISAV. Each laboratory used its own testing protocols. Estimates of the specificity of each test were determined directly from a population assumed to be free of infection. Indirect estimates of the sensitivity and specificity of each test were obtained using maximum likelihood estimation of a latent class model (i.e. no gold standard test result available). There was a substantial difference in sensitivity and specificity of RT-PCR among the three laboratories using this test. If only the best results for the RT-PCR tests are taken into account, the maximum likelihood estimates obtained from this study suggest RT-PCR and VI are of similar high sensitivity (range 92-100%), IFAT is the least sensitive method (range 65-76%) while the three tests have similar high specificities (range 96-100%). The results of the study suggest: (1) RT-PCR tests should be standardized before they are used as a diagnostic test for prevention and control of ISAV, (2) the sensitivity of VI was higher than expected and (3) IFAT has a low sensitivity but might be a good screening test because of its low cost.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».