Concordance of Pharmacogenetic Polymorphisms in Tumor and Germ Line DNA in Adult Patients with Acute Myeloid Leukemia
Notice bibliographique
Résumé
Archived tumor tissue is a useful resource for retrospective studies addressing relationships between genetic polymorphisms and treatment outcomes. However, genotypes determined in tumor and somatic tissues may differ due to cytogenetic and molecular changes associated with malignant transformation and progression. Discordance between germ line and tumor genotypes may be particularly relevant in leukemia because cytogenetic abnormalities are frequent. We compared genotypes determined in DNA extracted from paired pretreatment bone marrow and buccal samples from 80 adult patients with acute myeloid leukemia (AML). Paired AML and buccal DNA samples were genotyped for polymorphisms (21 single nucleotide polymorphisms and 2 gene deletions) on genes encoding proteins involved in drug metabolism (CYP3A4, CYP2C8, CDA, and GSTP1), oxidative stress mechanisms (CAT, MnSOD, GSTT1, GSTM1, GSTA1, and GPX1), drug transport (MDR1, MRP1, and BCRP), and DNA repair (MGMT, XPD, and XRCC1). Genotypes were determined by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, except GSTM1 and GSTT1, for which deletion genotypes were determined using multiplex PCR. Concordance of genotypes was tested by kappa statistics. kappa statistics for paired AML and buccal DNA samples ranged between 0.94 and 1.00, indicating excellent agreement. The GSTT1 and GSTM1 genotypes were in perfect concordance for the paired samples. Agreement was also excellent for genes at AML chromosome deletion and translocation breakpoints, including MDR1 at 7q21.1 and MRP1 at 16p13.1. Based on these data, genotypes derived from archived AML bone marrow samples were not likely to differ from those from genomic DNA, and archived bone marrow samples may be useful for the conduct of retrospective pharmacogenetic studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».