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Enregistrement W2047746881 · doi:10.1158/1538-7445.am2012-2311

Abstract 2311: microRNA-196b regulates HOXB7 in cervical cancer

2012· article· en· W2047746881 sur OpenAlexaff
Christine How, Angela Bik‐Yu Hui, Paul C. Boutros, Blaise Clarke, Melania Pintilie, Anthony Fyles, Fei‐Fei Liu

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related molecular mechanisms research
Établissements canadiensUniversity Health NetworkOntario Institute for Cancer ResearchUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésClonogenic assaymicroRNABiologyCancer researchCancerGene knockdownGene silencingTransfectionViability assayMolecular biologyCell cultureGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Introduction: microRNAs (miRNAs) have been shown to play an important biological role in many human malignancies. The down-regulation of miR-196b has been previously reported in cervical cancer (CaCx), but its contribution to tumor progression remains unelucidated. Materials and Methods: miRNA expression was measured in frozen tissues from CaCx biopsies (n=79) and normal cervix (n=11), plus three CaCx cell lines (ME-180, SiHa and HT-3) using a quantitative real-time PCR (qPCR) approach simultaneously measuring 377 miRNAs. SiHa and ME-180 cells were transfected with 30 nmol/L of pre-miR-196b, pre-miR Negative Control (NC), siHOXB7, siVEGF, or Negative Control siRNA. Cell viability, clonogenicity and migration/invasion were analyzed using the Trypan blue exclusion assay, clonogenic assay and trans-well migration assays, respectively. Protein levels of HOXB7 and VEGF were measured by immunoblotting and ELISA, respectively. To determine candidate mRNA targets of miR-196b, a tri-modal approach was utilized by combining: a) all predicted targets from five target prediction databases; b) genes upregulated in CaCx patients; and c) genes down-regulated after in vitro miR-196b over-expression. A luciferase reporter assay was used to confirm the binding of miR-196b to the HOXB7 3′ UTR. Tumor formation was monitored in xenograft tumors in SCID mice; CD31 and Ki67 immunostaining were performed on tumors 25 days after implantation. Results: Significant down-regulation of miR-196b was observed in the CaCx cells lines and tissues. Patients with low miR-196b expression (n=39) experienced worse disease-free survival compared to those with high (n=39) miR-196b expression (p=0.02, HR=0.39). Pre-miR-196b transfection reduced cell viability (25% after 48h; 41% after 72h), clonogenicity (57%) and invasion (32% vs. 63% for cells treated with NC). In vivo, pre-miR-196b slightly decreased tumor growth, but associated with significantly reduced CD31 (69%) and Ki-67 expression (46% vs. 53% for NC cells). The luciferase reporter assay verified that HOXB7 is a direct and specific target of miR-196b. Decreased VEGF mRNA (43%) and protein (78%) levels after HOXB7 knockdown demonstrated that VEGF was a downstream mediator of HOXB7 activation. siRNA knockdown of HOXB7 or VEGF recapitulated the biological effects of miR-196b over-expression, including reduced cell viability (66% for siHOXB7 at 72h; 60% for VEGF at 72h), clonogenicity (69% for siHOXB7; 78% for siVEGF) and invasion (52% for siHOXB7 and 42% for siVEGF vs. 74% for Negative Control cells); thus corroborating the miR-196b/HOXB7/VEGF axis in CaCx progression. Conclusion: We have newly identified the miR-196b/HOXB7/VEGF pathway as an important dysregulated axis contributing to human CaCx progression; hence therapeutic targeting of this pathway could potentially improve patient outcome. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 103rd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2012 Mar 31-Apr 4; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2012;72(8 Suppl):Abstract nr 2311. doi:1538-7445.AM2012-2311

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,045
Tête enseignante GPT0,391
Écart entre enseignants0,346 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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