An Integrated Biplot Analysis System for Displaying, Interpreting, and Exploring Genotype × Environment Interaction
Notice bibliographique
Résumé
Multienvironment trials (MET) generate two types of two‐way data: genotype × environment data for a target trait and genotype × trait data in individual or across environments. These data can be visually analyzed by a GGE biplot and a genotype × trait biplot, respectively. This paper describes a third type of biplot, the covariate‐effect biplot, and illustrates its tandem use with the other biplots to achieve a fuller understanding of MET data. The covariate‐effect biplot is generated on the basis of an explanatory trait × environment two‐way table consisting of correlation coefficients between the target trait (e.g., yield) and each of the other traits in each of the environments. This biplot displays the yield‐trait relations in individual environments and addresses whether and how the genotype × environment interactions (GE) for yield can be explored by indirect selection for the other traits. These other traits are treated as genetic covariables and can be replaced by other genetic covariables such as genetic markers, QTL, or genes. The biplot methodology was demonstrated by MET data of barley (Hordeum vulgare L.) conducted across North America. Both the GGE biplot and the covariate‐effect biplot showed that the environments fell into two (eastern vs. western) megaenvironments. The covariate‐effect pattern explained 81% of the GGE pattern, suggesting that the GE pattern for yield can be effectively explored by indirect selection for these traits. Specifically, barley yield can be improved by selecting for larger kernel weight, earlier heading, and better lodging resistance in the eastern megaenvironment. In contrast, the yield–trait relationship in the western megaenvironment was highly variable, and yield improvement can be achieved only by selecting for yield per se across environments. We suggest that the GGE biplot, the genotype × trait biplot, and the covariate‐effect biplot be used jointly to better understand and more fully explore MET data.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,049 | 0,012 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».