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Enregistrement W2048065755 · doi:10.1142/s0219720009004242

A TUTORIAL OF TECHNIQUES FOR IMPROVING STANDARD HIDDEN MARKOV MODEL ALGORITHMS

2009· article· en· W2048065755 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueJournal of Bioinformatics and Computational Biology · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueAlgorithms and Data Compression
Établissements canadiensUniversity of Waterloo
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésViterbi algorithmComputer scienceHidden Markov modelLogarithmForward algorithmHeuristicsAlgorithmFactor (programming language)HeuristicMarkov modelSequence (biology)Markov chainSpace (punctuation)Parallel computingArtificial intelligenceMathematicsVariable-order Markov modelMachine learningProgramming language

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In this tutorial, we discuss two main algorithms for Hidden Markov Models or HMMs: the Viterbi algorithm and the expectation phase of the Baum-Welch algorithm, and we describe ways to improve their naïve implementations. For the Baum-Welch algorithm we first present an implementation of the expectation computations using constant space. We then discuss the classical implementation of this calculation and describe ways to reduce its space usage to logarithmic and O(square root n), with their respective CPU costs. We also note where each respective algorithm can be parallelized. For the Viterbi algorithm, we describe O(square root n) and logarithmic space algorithms which increase CPU use by a factor of two and by a logarithmic factor respectively. We also present two recent heuristics for decreasing space use, which in practice lead to logarithmic space use. Classical version of Viterbi cannot be parallelized by splitting sequence in several subsequences, but we show a parallelization that works if we are willing to pay a significant extra CPU cost. Finally we show a very simple parallelization trick which enables full usage of multiple CPUs/cores under the condition that they share memory.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Autre devis · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,971
Score d'incertitude au seuil0,271

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,274
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle