Genetic Composition of <i>Pepino mosaic virus</i> Population in North American Greenhouse Tomatoes
Notice bibliographique
Résumé
In just a few short years, pepino mosaic disease has quickly become endemic in greenhouse tomatoes around the world. Although three genotypes of Pepino mosaic virus (PepMV) were identified in the United States, genetic composition of PepMV in greenhouse tomato crops in North America has not been determined. In this study, genetic variability and population structure of PepMV were evaluated through nucleotide sequence comparison and phylogenetic analysis of two genomic regions (helicase domain and TGB2-3) derived from 91 cDNA clones that were derived from 31 field-collected samples. These samples were collected from several major greenhouse tomato facilities in five states in the United States and two provinces in Canada. All four major genotypes of PepMV (EU, US1, US2, and CH2) were found in North America. Three distinct genotypes (EU, US1, and US2) were found in mixed infection in samples collected from Arizona and Colorado, two genotypes (EU and CH2) in Texas, and a single genotype (EU) in Alabama and California and the provinces of British Columbia and Ontario in Canada. The complexity of population genetics of PepMV in the United States poses an additional challenge to the greenhouse tomato industry because a tomato cultivar with durable resistance to multiple genotypes of PepMV may be harder to develop.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».