Expression analysis of defense-related genes in wheat in response to infection by<i>Fusarium graminearum</i>Contribution from Purdue University Agricultural Research Programs as journal article No. 2007-18090.
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium head blight (FHB), caused by the fungi Fusarium graminearum and Fusarium culmorum, is a worldwide disease of wheat (Triticum aestivum L.). The Chinese cultivar Ning 7840 is one of a few wheat cultivars with resistance to FHB. GeneCalling, an open-architecture mRNA-profiling technology, was used to identify differentially expressed genes induced or suppressed in spikes of Ning 7840 after infection by F. graminearum. One hundred and twenty-five cDNA fragments representing transcripts differentially expressed in wheat spikes were identified. Based on BLASTN and BLASTX analyses, putative functions were assigned to some of the genes: 28 were assigned functions in primary metabolism and photosynthesis, 7 were involved in defense response, 14 were involved in gene expression and regulation, 24 encoded proteins associated with structure and protein synthesis, 42 lacked homology to sequences in the database, and 3 were similar to cloned multidrug resistance or disease resistance proteins. Of particular interest in this study were genes associated with resistance and defense against pathogen infection. Real-time quantitative reverse-transcription PCR indicated that of 51 genes tested, 19 showed 2-fold or greater induction or suppression in infected Ning 7840 in comparison with the water-treated control. The remaining 32 genes were not significantly induced or suppressed in infected Ning 7840 compared with the control. Subsequently, these 19 induced or suppressed genes were examined in the wheat line KS24-1, containing FHB resistance derived from Lophopyrum elongatum, and Len, an FHB-susceptible wheat cultivar. The temporal expression of some of these sequences encoding resistance proteins or defense-related proteins showed FHB (resistance specific) induction, suggesting that these genes play a role in protection against toxic compounds in plant-fungus interactions. On the basis of comprehensive expression profiling of various biotic or abiotic stress response genes revealed by quantitative PCR in this study and other supporting data, we hypothesized that the plant-pathogen interactions may be highly integrated into a network of diverse biosynthetic pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».