Cryptic diversity in a cosmopolitan diatom known as <i>Asterionellopsis glacialis</i> (Fragilariaceae): Implications for ecology, biogeography, and taxonomy
Notice bibliographique
Résumé
PREMISE OF THE STUDY: Diatoms have long been known as the most species-rich of algal groups, with a wide range of estimates for species number (20-200 k) due to differing species concepts. The fine valve structure in Asterionellopsis glacialis, a diatom believed cosmopolitan and eurytopic, has never been systematically examined using modern microscopy and is an excellent candidate to genetically test morphology-based conspecificity among its geographically distant culture isolates. METHODS: Isolates from the Atlantic and Pacific Oceans that were morphologically delineated as A. glacialis were genetically characterized using three nuclear DNA regions (two 18S rDNA fragments and ITS region) and one plastidal (rbcL) and one mitochondrial gene (cox1) and related to SEM-based morphometrics. KEY RESULTS: Five genetically distinct groupings were found, four of which are new to science. ITS2 RNA transcript secondary structure was species specific as were plastidal and mitochondrial genes, while the 18S gene fragments did not diverge sufficiently to segregate new species efficiently. We genetically circumscribed the A. glacialis epitype. CONCLUSIONS: The morphological diversification of the species examined in this study lags behind their genetic divergence. The currently accepted 2% cutoff level of operational taxonomic unit (OTU) clustering in 18S rDNA environmental sequencing is too high to recognize genetic diversity in Asterionellopsis and very likely in many other species. Our results support the notion that a considerable number of species and diversity remain to be discovered among diatoms and that species number may be more in line with higher estimates. Molecular signatures of the species discovered here will aid in their globally consistent identification and ultimate understanding of their ecology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».