Analysis of Keystone Enzyme in Agar Hydrolysis Provides Insight into the Degradation (of a Polysaccharide from) Red Seaweeds
Notice bibliographique
Résumé
Agars are abundant polysaccharides from marine red algae, and their chemical structure consists of alternating D-galactose and 3,6-anhydro-L-galactose residues, the latter of which are presumed to make the polymer recalcitrant to degradation by most terrestrial bacteria. Here we study a family 117 glycoside hydrolase (BpGH117) encoded within a recently discovered locus from the human gut bacterium Bacteroides plebeius. Consistent with this locus being involved in agarocolloid degradation, we show that BpGH117 is an exo-acting 3,6-anhydro-α-(1,3)-L-galactosidase that removes the 3,6-anhydrogalactose from the non-reducing end of neoagaro-oligosaccharides. A Michaelis complex of BpGH117 with neoagarobiose reveals the distortion of the constrained 3,6-anhydro-L-galactose into a conformation that favors catalysis. Furthermore, this complex, supported by analysis of site-directed mutants, provides evidence for an organization of the active site and positioning of the catalytic residues that are consistent with an inverting mechanism of catalysis and suggests that a histidine residue acts as the general acid. This latter feature differs from the vast majority of glycoside hydrolases, which use a carboxylic acid, highlighting the alternative strategies that enzymes may utilize in catalyzing the cleavage of glycosidic bonds.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».