Multiplexed, <scp>UVC</scp>‐Induced, Sequence‐Dependent <scp>DNA</scp> Damage Detection
Notice bibliographique
Résumé
The exposure of DNA to ultraviolet (UV) radiation causes sequence-dependent damage. Thus, there is a need for an analytical technique that can detect damage in large numbers of DNA sequences simultaneously. In this study, we have designed an assay for UVC-induced DNA damage in multiple oligonucleotides simultaneously by using a 96-well plate and a novel automated sample mover. The UVC-induced DNA damage is measured using smart probes, analogs of molecular beacons in which guanosine nucleotides act as the fluorescence quencher. Our results show that the oligonucleotide damage constants obtained with this method are reproducible and similar to those obtained in cuvettes. The calibration curve for poly-dT shows good linearity (R(2) = 0.96), with limits of detection (LOD) and quantification (LOQ) equal to 55 and 183 nm, respectively. The results show that the damage kinetics upon irradiation is sensitive to the different types of photoproducts formed in the different sequences used; i.e. poly-A oligonucleotides containing guanine are damaged at a faster rate than poly-A oligonucleotides containing either thymine or cytosine. Thus, detecting DNA damage in a 96-well plate and quantifying the damage with smart probes are a simple, fast and inexpensive mix-and-read technique for multiplexed, sequence-specific DNA damage detection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».