DNA-based real-time detection and quantification of aeromonads from fresh water beaches on Lake Ontario
Notice bibliographique
Résumé
The present study was designed to develop a novel, rapid, direct DNA-based protocol to enumerate aeromonads in recreational waters. An Aeromonas genus-specific real-time quantitative polymerase chain reaction (Q-PCR) protocol was developed and optimized using newly designed genus-specific oligonucleotide primers derived from the gyrase B subunit (GyrB) gene. A standard curve was developed based on the PCR protocol with a minimum quantification limit of 10 cell equivalents ml(-1) achieved using an autoclaved water sample from recreational water spiked with known quantities of an Aeromonas ATCC strain. The Q-PCR protocol was validated and applied to detect and quantify the total number of aeromonads in water samples collected from two fresh water beaches on Lake Ontario. The Q-PCR protocol revealed significantly higher numbers of aeromonads in all water samples than a culture-based assay at both beaches. Foreshore sand was found to serve as a reservoir of high concentrations of Aeromonas similar to this phenomenon noted for enteric bacteria like Eschershia coli. The new real-time Q-PCR protocol facilitated the rapid quantification of total numbers of Aeromonas cells present in recreational water samples in <3 hours without culturing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».