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Enregistrement W2048662594 · doi:10.1074/jbc.m510748200

HIV-1 Tat Is a Natively Unfolded Protein

2006· article· en· W2048662594 sur OpenAlexafffund
Shaheen Shojania, Joe D. O’Neil

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2006
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Interference and Gene Delivery
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesUniversity of AlbertaUniversity of Manitoba
Mots-clésHuman immunodeficiency virus (HIV)Unfolded protein responseVirologyMedicineComputational biologyBiologyEndoplasmic reticulumGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Tat (transactivator of transcription) is a small RNA-binding protein that plays a central role in the regulation of human immunodeficiency virus type 1 replication and in approaches to treating latently infected cells. Its interactions with a wide variety of both intracellular and extracellular molecules is well documented. A molecular understanding of the multitude of Tat activities requires a determination of its structure and interactions with cellular and viral partners. To increase the dispersion of NMR signals and permit dynamics analysis by multinuclear NMR spectroscopy, we have prepared uniformly 15N- and 15N/13C-labeled Tat-(1-72) protein. The cysteine-rich protein is unambiguously reduced at pH 4.1, and NMR chemical shifts and coupling constants suggest that it exists in a random coil conformation. Line broadening and multiple peaks in the Cys-rich and core regions suggest that transient folding occurs in two of the five sequence domains. NMR relaxation parameters were measured and analyzed by spectral density and Lipari-Szabo approaches, both confirming the lack of structure throughout the length of the molecule. The absence of a fixed conformation and the observation of fast dynamics are consistent with the ability of Tat protein to interact with a wide variety of proteins and nucleic acid and support the concept of a natively unfolded protein.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,439

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,226 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations128
Publié2006
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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