Metaproteomic analysis of a winter to spring succession in coastal northwest Atlantic Ocean microbial plankton
Notice bibliographique
Résumé
In this study, we used comparative metaproteomics to investigate the metabolic activity of microbial plankton inhabiting a seasonally hypoxic basin in the Northwest Atlantic Ocean (Bedford Basin). From winter to spring, we observed a seasonal increase in high-affinity membrane transport proteins involved in scavenging of organic substrates; Rhodobacterales transporters were strongly associated with the spring phytoplankton bloom, whereas SAR11 transporters were abundant in the underlying waters. A diverse array of transporters for organic compounds were similar to the SAR324 clade, revealing an active heterotrophic lifestyle in coastal waters. Proteins involved in methanol oxidation (from the OM43 clade) and carbon monoxide (from a wide variety of bacteria) were identified throughout Bedford Basin. Metabolic niche partitioning between the SUP05 and ARCTIC96BD-19 clades, which together comprise the Gamma-proteobacterial sulfur oxidizers group was apparent. ARCTIC96BD-19 proteins involved in the transport of organic compounds indicated that in productive coastal waters this lineage tends toward a heterotrophic metabolism. In contrast, the identification of sulfur oxidation proteins from SUP05 indicated the use of reduced sulfur as an energy source in hypoxic bottom water. We identified an abundance of Marine Group I Thaumarchaeota proteins in the hypoxic deep layer, including proteins for nitrification and carbon fixation. No transporters for organic compounds were detected among the thaumarchaeal proteins, suggesting a reliance on autotrophic carbon assimilation. In summary, our analyses revealed the spatiotemporal structure of numerous metabolic activities in the coastal ocean that are central to carbon, nitrogen and sulfur cycling in the sea.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».