Solution-state NMR structure of the putative morphogene protein BolA (PFE0790c) from<i>Plasmodium falciparum</i>
Notice bibliographique
Résumé
Protozoa of the genus Plasmodium are responsible for malaria, which is perhaps the most important parasitic disease to infect mankind. The emergence of Plasmodium strains resistant to current therapeutics and prophylactics makes the development of new treatment strategies urgent. Among the potential targets for new antimalarial drugs is the BolA-like protein PFE0790c from Plasmodium falciparum (Pf-BolA). While the function of BolA is unknown, it has been linked to cell morphology by regulating transcription in response to stress. Using an NMR-based method, an ensemble of 20 structures of Pf-BolA was determined and deposited in the PDB (PDB entry 2kdn). The overall topology of the Pf-BolA structure, α1-β1-β2-η1-α2/η2-β3-α3, with the β-strands forming a mixed β-sheet, is similar to the fold observed in other BolA structures. A helix-turn-helix motif similar to the class II KH fold associated with nucleic acid-binding proteins is present, but contains an FXGXXXL signature sequence that differs from the GXXG signature sequence present in class II KH folds, suggesting that the BolA family of proteins may use a novel protein-nucleic acid interface. A well conserved arginine residue, Arg50, hypothesized to play a role in governing the formation of the C-terminal α-helix in the BolA family of proteins, is too distant to form polar contacts with any side chains in this α-helix in Pf-BolA, suggesting that this conserved arginine may only serve a role in guiding the orientation of this C-terminal helix in some BolA proteins. A survey of BolA structures suggests that the C-terminal helix may not have a functional role and that the third helix (α2/η2) has a `kink' that appears to be conserved among the BolA protein structures. Circular dichroism spectroscopy shows that Pf-BolA is fairly robust, partially unfolding when heated to 353 K and refolding upon cooling to 298 K.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».