Is “Frank” DNA-Strand Breakage via the Guanine Radical Thermodynamically and Sterically Possible?
Notice bibliographique
Résumé
Using the reduction potential of one-electron oxidized guanosine in water and the pKa values of the radical and of the parent, the N1-H bond energy of the 2'-deoxyguanosine moiety is determined to be (94.3+/-0.5) kcal mol(-1). Using the DFT method, the energy of the N1-centered guanosine radical is calculated and compared with those of the C1'- and C4'-radicals formed by H-abstraction from the 2'-deoxyribose moiety of the molecule. The result is that these deoxyribose-centered radicals appear to be more stable than the N1-centered one by up to 3 kcalmol(-1). Therefore, H-abstraction from a 2'-deoxyribose C-H bond by an isolated guanosine radical should be thermodynamically feasible. However, if the stabilization of a guanine radical by intrastrand pi-pi interaction with adjacent guanines and the likely lowering of the oxidation potential of guanine by interstrand proton transfer to the complementary cytosine base are taken into account, there is no more thermodynamic driving force for H-abstraction from a deoxyribose unit. As a further criterion for judging the probability of occurrence of such a reaction in DNA, the stereochemical situation that a DNA-guanosine radical faces was investigated utilizing X-ray data for relevant model oligonucleotides. The result is that the closest H-atoms from the neighboring 2'-deoxyribose units are at distances too large for efficient reaction. As a consequence, H-abstraction from 2'-deoxyribose by the DNA guanine radical leading subsequently to a "frank" DNA strand break is very unlikely. The competing reaction of the guanine radical cation with a water molecule which eventually yields 8-oxo-2'-deoxyguanosine (leading to "alkali-inducible" strand breaks) has thus a chance to proceed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».