Structures of bacterial biosynthetic arginine decarboxylases
Notice bibliographique
Résumé
Biosynthetic arginine decarboxylase (ADC; also known as SpeA) plays an important role in the biosynthesis of polyamines from arginine in bacteria and plants. SpeA is a pyridoxal-5'-phosphate (PLP)-dependent enzyme and shares weak sequence homology with several other PLP-dependent decarboxylases. Here, the crystal structure of PLP-bound SpeA from Campylobacter jejuni is reported at 3.0 Å resolution and that of Escherichia coli SpeA in complex with a sulfate ion is reported at 3.1 Å resolution. The structure of the SpeA monomer contains two large domains, an N-terminal TIM-barrel domain followed by a β-sandwich domain, as well as two smaller helical domains. The TIM-barrel and β-sandwich domains share structural homology with several other PLP-dependent decarboxylases, even though the sequence conservation among these enzymes is less than 25%. A similar tetramer is observed for both C. jejuni and E. coli SpeA, composed of two dimers of tightly associated monomers. The active site of SpeA is located at the interface of this dimer and is formed by residues from the TIM-barrel domain of one monomer and a highly conserved loop in the β-sandwich domain of the other monomer. The PLP cofactor is recognized by hydrogen-bonding, π-stacking and van der Waals interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».