Novel Nucleomorph Genome Architecture in the Cryptomonad Genus <i>Hemiselmis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Cryptomonads are ubiquitous aquatic unicellular eukaryotes that acquired photosynthesis through the uptake and retention of a red algal endosymbiont. The nuclear genome of the red alga persists in a highly reduced form termed a nucleomorph. The nucleomorph genome of the model cryptomonad Guillardia theta has been completely sequenced and is a mere 551 kilobases (kb) in size, spread over three chromosomes. The presence of three chromosomes appears to be a universal characteristic of nucleomorph genomes in cryptomonad algae as well as in the chlorarachniophytes, an unrelated algal lineage with a nucleomorph and plastid genome derived from a green algal endosymbiont. Another feature of nucleomorph genomes in all cryptomonads and chlorarachniophytes examined thus far is the presence of subtelomeric ribosomal DNA (rDNA) repeats at the ends of each chromosome. Here we describe the first exception to this canonical nucleomorph genome architecture in the cryptomonad Hemiselmis rufescens CCMP644. Using pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), we estimate the size of the H. rufescens nucleomorph genome to be approximately 580 kb, slightly larger than the G. theta genome. Unlike the situation in G. theta and all other known cryptomonads, sub-telomeric repeats of the rDNA cistron appear to be absent on both ends of the second largest chromosome in H. rufescens and two other members of this genus. Southern hybridizations using a variety of nucleomorph protein gene probes against PFGE-separated H. rufescens chromosomes indicate that recombination has been a major factor in shaping the karyotype and genomic structure of cryptomonad nucleomorphs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».