Origin of hepatitis C virus genotype 3 in Africa as estimated through an evolutionary analysis of the full-length genomes of nine subtypes, including the newly sequenced 3d and 3e
Notice bibliographique
Résumé
We characterized the full-length genomes of nine hepatitis C virus genotype 3 (HCV-3) isolates: QC7, QC8, QC9, QC10, QC34, QC88, NE145, NE274 and 811. To the best of our knowledge, NE274 and NE145 were the first full-length genomes for confirming the provisionally assigned subtypes 3d and 3e, respectively, whereas 811 represented the first HCV-3 isolate that had its extreme 3' UTR terminus sequenced. Based on these full-length genomes, together with 42 references representing eight assigned subtypes and an unclassified variant of HCV-3, and 10 sequences of six other genotypes, a timescaled phylogenetic tree was reconstructed after an evolutionary analysis using a coalescent Bayesian procedure. The results indicated that subtypes 3a, 3d and 3e formed a subset with a common ancestor dated to ~202.89 [95% highest posterior density (HPD): 160.11, 264.6] years ago. The analysis of all of the HCV-3 sequences as a single lineage resulted in the dating of the divergence time to ~457.81 (95% HPD: 350.62, 587.53) years ago, whereas the common ancestor of all of the seven HCV genotypes dated to ~780.86 (95% HPD: 592.15, 1021.34) years ago. As subtype 3h and the unclassified variant were relatives, and represented the oldest HCV-3 lineages with origins in Africa and the Middle East, these findings may indicate the ancestral origin of HCV-3 in Africa. We speculate that the ancestral HCV-3 strains may have been brought to South Asia from Africa by land and/or across the sea to result in its indigenous circulation in that region. The spread was estimated to have occurred in the era after Vasco da Gama had completed his expeditions by sailing along the eastern coast of Africa to India. However, before this era, Arabians had practised slave trading from Africa to the Middle East and South Asia for centuries, which may have mediated the earliest spread of HCV-3.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».