Identification and application of a unique genetic locus in diagnosis of<i>Fusarium oxysporum</i>f. sp.<i>cubense</i>tropical race 4
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium oxysporum f. sp. cubense, particularly the tropical race 4 (TR4), is the most destructive fungal pathogen of banana and can cause significant economic losses. However, the molecular mechanisms underlying the pathogenicity and virulence of the fungus are poorly understood. In this study, we characterized the mutant W2987, which was derived through T-DNA insertional mutagenesis of a wild-type TR4 isolate. W2987 showed slower growth, produced fewer conidia and was less virulent than the wild-type strain. Thermal asymmetric interlaced-PCR (TAIL-PCR) analysis showed that the T-DNA was inserted in the 3′ untranslated region (UTR) of an open reading frame (ORF) in W2987. BLAST search results indicated that the ORF encodes a hypothetical protein with unknown function. Phylogenetic analysis of the gene sequences from various Fusarium isolates showed that the F. oxysporum f. sp. cubense TR4 isolates were distinct from other F. oxysporum isolates. One pair of primers based on the 3′ UTR sequence of the putative virulence gene amplified a specific PCR product from the F. oxysporum f. sp. cubense TR4 isolates but not from other races and Fusarium species. This result indicates that this genetic locus possibly associated with virulence is unique and reliable for diagnosis and detection of F. oxysporum f. sp. cubense TR4.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».