Introduction to the Japan Mouse Clinic at the RIKEN BioResource Center
Notice bibliographique
Résumé
A systematic and comprehensive phenotyping platform has been developed by the RIKEN ENU-mutagenesis project between 1999 and 2007. As a result of phenotype screening on this platform, we have discovered about 400 mutants as animal models for human diseases. All information regarding these mouse mutants is now available to the public through our home page (http://www.brc.riken.jp/lab/gsc/mouse/indexJ.html). In 2008, we reconstructed the existing phenotyping platform and built a new platform. The new system has a hierarchical structure, consisting of a fundamental pipeline that utilizes the existing platform and an additional pipeline, which is optimized for more in-depth phenotyping assays. Using this system, we have started to perform more comprehensive phenotyping of mouse mutants. We have opened this system to Japanese scientists as the Japanese Mouse Clinic. It is anticipated that existing mouse mutants will be reevaluated as disease models by identifying novel phenotypes on the new platform. We will share detailed information about the standard operating procedures (SOPs) of our phenotyping analyses with other related large-scale projects, such as the European Mouse Disease Clinic (EUMODIC) and the German Mouse Clinic (GMC). Moreover, we will contribute to international efforts to standardize mouse phenotype data by sharing annotation of mutant phenotypes, which are made by internationally standardized methods, with other related projects.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,014 | 0,019 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».